Historie Lipenské přehrady začíná na konci 19. století, kdy po velké povodni v roce 1890 vydává v roce 1892 inženýr Daniel německy psanou brožuru, ve které navrhuje zřízení menších přehrad na horní Vltavě a jejích přítocích. Tyto přehrady měly zabránit velkým povodním a zátopám. Myšlenkou se dále zabývá sněm království Českého a stavební rada Jan Jirsík řeší v roce 1899 úkol taktéž návrhem výstavby několika přehrad na horní Vltavě. Jako první měla být postavena přehrada u Želnavy o obsahu 32 miliónů kubíků vody. Došlo zde i k projednávání projektu, ale zemědělci nebyli ochotni postoupit pozemky potřebné pro stavbu. Konzervativnost správních řízení v roce 1904 nebyla překonána, a tak přípravné práce musely být zastaveny. V roce 1911 navrhly německé zemědělské organizace zřízení většího počtu nádržek na potocích přitékajících do Vltavy. Návrh byl majiteli pozemků příznivě přijat, i když realizace nemohla mít podstatný vodohospodářský význam. Po první světové válce se pokračuje v hledání možností zřízení nádrží, které jsou vlastně jen hledáním prostoru, kde by nebylo námitek proti zabrání pozemků. V roce 1920 došlo na horní Vltavě k další velké povodni, a tak znovu ožívá vybudování přehrady, která by zadržela vody z jarního tání na Šumavě.
V roce 1930 umisťují inženýři Zemského úřadu ve svých projektech stavbu přehrady poprvé na Lipno. Ale i tentokrát je nepřekonatelnou překážkou získání zátopové plochy, zejména od loučovických papíren a vyšebrodského cisterciáckého kláštera. Také tentokrát jsou další studie přerušeny druhou světovou válkou, a tak jarní zátopy i vyschlé koryto Vltavy v létě pokračují. Projekt přehrady na Lipně s elektrárenskou turbínou vznikl až po druhé světové válce, zejména po odsunu Němců a znárodnění loučovické papírny. V roce 1946 jsem v kronice Frymburku objevil zápis: „V letních měsících se v povodí Vltavy objevily skupiny zeměměřičů a údajně zaměřovali plochy pro stavbu přehrady, která má být vybudována někde v okolí Lipna." Rozhodnutím ministerstva dopravy bylo v dubnu 1946 uloženo Zemskému národnímu výboru v Praze, aby připravil návrhy na využití vodní síly na horní Vltavě tak, aby spád Čertových proudů byl koncentrován v jediném vodním díle. Tím bylo techniky upřesněno zadání budoucí výstavby Lipenské přehrady. Práce na úvodním projektu byly v roce 1946 opravdu zahájeny a byly zařazeny do celostátního „dvouletého plánu." V Zemském národním výboru Praha byly odděleně zpracovány plány pro výstavbu přehrady, kde byl vedoucím ing. A. Ulrych a pro energetickou část, kterou zpracoval ing. A. Chlum.
Podle úvodního projektu ing. A. Chluma měla podzemní elektrárna tři agregáty po hltnosti 23 m3/s, k nimž byla voda přiváděna jednou tlačnou šachtou. Přístup do podzemí centrály byl navržen tunelem 1400 m dlouhým, vedeným odbočkou od státní silnice ve Svatém Prokopu. Jím měla být také vyvedena získaná energie do rozvodny asi 2 km pod přehradou. Takto navržená hydrocentrála je založena na využití největšího spádu Vltavy v úseku Čertových proudů, kde je spád 163 m. Abychom si uvědomili prudkost spádu, tak malé připomenutí: Od Vyššího Brodu k ústí Vltavy do Labe, v délce téměř stonásobné, klesá Vltava již jen o 470 m. Toto „švédské řešení" hydrocentrály bylo technicky výhodné a zejména nutné pro splnění zadání, tj. využití maximálního spádu v jediném stupni. V dubnu 1948 schvaluje ministerstvo techniky generální řešení Lipna a již 5. května 1948 se konalo ve Vyšším Brodě informativní řízení. Poté bylo generální řešení předáno Hydroprojektu Praha ke zpracování úvodního projektu. Zásadní způsob řešení Lipna byl dodržen, neboť se prokázalo, že místo přehrady je vhodné a řešení hlubinnou elektrárnou v daných morfologických a geologických poměrů účelné a nejvhodnější z celé řady variant. Na rozdíl od generálního řešení byly zřízeny dvě samostatné tlačné šachty, které měly přivádět vodu vždy jen k jedné turbíně s hltností 46 m3/s. Tímto řešením bylo odstraněno konstrukčně velmi náročné rozvětvení přiváděcího potrubí ke třem turbínám
Kromě dokumentace vlastního vodního díla pod zemí bylo nutno vypracovat také projekty hydraulické, elektrotechnické a projekt organizace výstavby, plány nových silnic, železnic, mostů, sídlišť a demolice v zátopovém pásmu. Koncepce vodního díla s elektrárnou pod zemí byla u nás použita poprvé. Součástí projektu, který byl hotov v září 1950, byla i vyrovnávací nádrž ve Vyšším Brodě, která má za úkol regulovat nepravidelné odtoky ze špičkové elektrárny.
O prázdninách 1950 byla ve Frymburku zahájena stavba nové levobřežní silnice směrem k Lipnu. Na stavbu nastoupili studenti středních škol Českobudějovického kraje a za pomoci krumpáčů, lopat a dřevěných koleček měli prorazit skálu v místech, kde se říká „Na skalce". Byli ubytováni nad Frymburkem v táboře bývalé německé pracovní služby, který byl přejmenován na „Tábor mládeže". Do práce studenti nastupovali „v semknutých útvarech za zpěvu budovatelských písní", jak píše frymburský kronikář té doby. Kronikář Lobl v kronice Slupečné píše: „Na místě odplaveného mostu je postaven nový, odolnější. Přišli dělníci a stavějí silnici někam do kopce proti nádraží. Z toho je vidět, že se zde opravdu bude něco stavět. Ona se bude opravdu stavět vodní přehrada, jejíž plány jsou schváleny. Bude to stavba málo zde viděná. Podzemní hydrocentrála skoro 180 metrů pod zemí. Jak neuvěřitelně zní dnes ještě rozhodnutí, že tuneláři prorazí pro Vltavu novou cestu, v délce skoro čtyři kilometry hluboko pod šumavskými horami, pod lesy, pod dnešním korytem Vltavy. Zdá se to být fantazie. Most přes řeku, silnice na kopec, to je začátek této stavby." Vladimír Michal popsal začátek stavby přehrady takto: „V září 1950 přijelo po silnici z Kaplice do šumavského údolí první nákladní auto s díly montovaného baráku bývalé firmy Ingstav. Blízko železniční lipenské zastávky a v sousedství starého lomu, kterému se později říkalo „Kamenný hrad", vyrostly brzy dřevěné kanceláře.
Mistr Bubla se svými pěti minéry se nastěhoval přímo do hostince Anny Houfkové a jejich dynamitové nálože trhaly balvany žuly a rvaly ze země pařezy se spletí kořenů. Těch pár minérů přirozeně udělalo mnohem více práce než 280 studentů s krumpáči, lopatami a dřevěnými kolečky, ale na druhé straně bez těchto studentů by nebyla na Lipně „Stavba mládeže." Dnes se zdá neskutečné, že studenti-svazáci při příchodu do práce připevnili na skálu svazácký prapor, zazpívali hymnu demokratické mládeže a pak začali pracovat. Stačí se však podívat v televizi na filmové týdeníky z té doby a i já jsem uvěřil. Přesvědčila mne o tom i kresba v knize „Tady začíná moře" a kronikář Lobl, který zaznamenal: „O prázdninách je zde i Krajská stavba mládeže, která ponejvíce pracuje na stavbě silnice. Nedaleko Frymburka zde primitivními nástroji-krumpáči, lopatami, palicemi a klíny proráží skálou cestu pro silnici. Po prázdninách ubytovací tábor ve Frymburku osiří."
Zdroj: František Schusser - 40 let elektrárny a vodního díla Lipno