Prvá písemná zpráva o Horním Dvořišti je z roku 1278, kdy se schylovalo k válečnému konfliktu mezi českým králem Přemyslem Otakarem II. a římským králem Rudolfem Habsburským. Jindřich II. z Rožmberka, jeden z účastníků válečné výpravy, přislíbil pro případ, že se z bojů nevrátí, „forum“ Merica cisterciáckému klášteru ve Vyšším Brodě. Forum bylo označení pro neopevněné místo s konáním trhů. Ke skutečnému předání tržní vsi však nedošlo, neboť Jindřich II. z Rožmberka se vrátil z válečného tažení živ. Svou přízeň Jindřich II. z Rožmberka prokázal klášteru Vyšší Brod jiným způsobem. Připojil kostel v Horním Dvořišti jako filiální k Vyššímu Brodu.
Kostel v Horním Dvořišti založil údajně v roce 1252 Vok I. z Rožmberka, který je také uváděn jako zakladatel hradu Rožmberk a kláštera Vyšší Brod. Kostelík byl na zemské stezce, která vedla od rakouského Dunaje přes Cáhlov (Freistadt) k hradu Rožmberk a dále přes Rožmitál a Přídolí k Českému Krumlovu. Kuča mylně uvádí, že od roku 1278 byla územně správní příslušnost Horního Dvořiště, které se tehdy nazývalo Merica, ke klášteru ve Vyšším Brodě. Jeho omyl průkazně dokazují rožmberské urbáře, kde je Horní Dvořiště nepřetržitě uváděno jako majetek Rožmberků na panství Rožmberk. Název Merica je latinský překlad německého Haid a ve středověku byl pro Horní Dvořiště používán český název Myšlany. Jméno Horní Dvořiště vzniklo až analogií podle Dolního Dvořiště a poprvé se vyskytuje až v roce 1841.
Dnešní Horní Dvořiště vzniklo jednorázovou lokací, a proto nelze vyloučit, že zde před rokem 1278 byl dvorec Myšlany. Základem půdorysu byla obdélníková náves, z níž vycházejí krátké ulice, které od počátku sledovaly hlavní komunikační tah. Kostel byl od samého vysazení situován do jihovýchodního koutu tržiště. Obec měla dva vyměřené lány (asi 40 hektarů) „něco nevyměřených polí a fara byla pokládána za chudou.“ Údaj v německé kronice, že již v roce 1278 bylo Horní Dvořiště městysem, je nadnesený a zřejmě uveden jen proto, aby „dal místu historický punc.“
V roce 1347 daroval Petr II. z Rožmberka nemocnici Jodok v Krumlově z mýtných příjmů tři libry feniků. V tomto dokladu je také poprvé uveden český název Myšlany (Misslen) a je prokazatelné, že se v dnešním Horním Dvořišti v roce 1347 již vybíralo mýto. Ve stejném roce, tedy v roce 1347, daruje Petr II. z Rožmberka část mýta, přesněji desátek, také klášteru ve Vyšším Brodě. Bohužel, z obou údajů nelze vypočítat, kolik v roce 1347 mýto v Horním Dvořišti vynášelo. Desátek pro klášter Vyšší Brod byl znovu potvrzen v roce 1364.
Nejstarší rožmberský urbář z roku 1379 uvádí, že v majetku Rožmberků bylo v Merica Myslany 49 osedlých a dva mlýny. Pojem „osedlý“ znamenal majitel domu, což znamená, že v dnešním Horním Dvořišti bylo v roce 1379 49 domů. Většina historiků se přiklání k názoru, že v jednom domě žilo 5 až 7 obyvatel, což by znamenalo, že na konci 14. století zde žilo asi 300 obyvatel. Jiří Veselý uvádí, že Horní Dvořiště bylo před rokem 1380 rožmberským městečkem. O několik řádek dále však stejný autor píše, že „není jisté, zda v té době skutečně bylo.“ Listina o povýšení na městečko se objevuje až mnohem později, až v roce 1504.
Trhové vsi, a mezi ně rozhodně Horní Dvořiště patřilo již od roku 1278, se vyznačovaly určitým právním postavením, které je stavělo nad „obyčejné“ vsi. Vztahy mezi Rožmberky a trhovou vsí Horní Dvořiště byly úmluvou či projevem pánovy vůle z počátku jen ústně vyjádřené. Tedy nesepsané. Jiří Veselí uvádí, že mezi husity odešlo i několik občanů z Horního Dvořiště. Ještě se o tom zmíním ze zprávy v Popravčí knize pánů z Rožmberka. Hospodářské a právní postavení Horního Dvořiště v 15. století bylo v podstatě stejné jako ve 14. století- Kromě funkce místního trhu a soustředění základních potravinářských a oděvních řemesel převládala zemědělská výroba. Důležitou sídelní funkci plnil kostel a fara. Obyvatelé Horního Dvořiště v 15. století nemohli volně nakládat se svým majetkem. Druhá polovina 15. století, po ukončení husitských válek, znamenala obnovení a rozšíření hospodářských styků s Rakouskem a výhodná poloha Horního Dvořiště umožňovala vozit na trhy do blízkého rakouského Cáhlova (Freistadt) své zboží a naopak průjezd rakouských obchodníků prospíval živnostem v Horním Dvořišti.
Pro vývoj Horního Dvořiště mělo mimořádný význam udělení privilegia ze 17. prosince 1504, které Hornímu Dvořišti udělil Petr IV. z Rožmberka. V tomto privilegiu obdařil obyvatele Myšlan nejen právem městským, ale osvobodil je i od odúmrtí. To v praxi znamenalo, že mohli odkazovat svůj majetek kterékoliv osobě na panství a jen v případě, že takové osoby nebylo, připadl majetek Rožmberkům. Odvolacím místem soudu se stal Český Krumlov. Na základě tohoto privilegia se mohly v Horním Dvořišti konat pravidelné středeční týdenní trhy „a tak obyvatelstvo městečka i okolních vesnic netrpělo nedostatečnou nákupní možností.“ Symbolem nabytého právního postavení se stala městská pečeť s věží a pětilistou růží, která symbolizovala závislost Horního Dvořiště na rožmberské vrchnosti.
V letech 1511 až 1517 dochází ke stavbě nové kostelní lodi a od roku 1515 je v Horním Dvořišti farní škola. V roce 1530, tedy mnohem dříve než ve Vyšším Brodě, byly odsouhlaseny radou starších „pravidla žití a chování v Myšlanech.“ Pravidla měla 52 bodů. Právo Horního Dvořiště bylo rozšířeno v roce 1577 o výsadu vaření bílého a ječného piva pro místní potřebu. Za tuto výsadu odvádělo Horní Dvořiště ročně Rožmberkům 60 kop míšenských grošů. Právo várečné bylo znovu potvrzeno Rožmberky v roce 1596. Řemeslníci v Horním Dvořišti, za panování Rožmberků, byli u všech řemesel členy cechů v městě Rožmberk a vzniku samostatných cechů v Horním Dvořišti se dočkali až po třicetileté válce.
Zatímco Václav Březan, kronikář Rožmberků, o Horním Dvořišti mlčí, Popravčí kniha pánů z Rožmberka ne. Poprvé je zde v roce 1396 připomínána krádež buochu. Buoch byl plát masa a zlodějem byl Henzl z Heršláku. Již v roce 1401 se v Popravčí knize pánů z Rožmberka připomíná loupež dvou vozů na zemské stezce u Myšlan. Na mukách se k lupu přiznal Diviš z Hrádku i jeho pomocníci. Seznam pomocníků při loupeži je dlouhý a byli mezi nimi i služebníci samotných Rožmberků. V roce 1409 lupiči u Myšlan přepadli pěšího obchodníka a ukradli mu pytel šafránu a v roce 1423 Janek Červený na mukách vyznal, že sám rychtář z Dvořiště se přidal k husitům, „co chtěli klášter ve Vyšším Brodě vypáliti.“
Zdroj: archiv Františka Schussera